У организации образовалась переплата по налогу на прибыль. Эта переплата отражается как сальдо на ЕНС. Можно ли не направлять в ФНС заявление о зачете этой суммы, а просто перечислить налоги за минусом суммы переплаты?
Да.
Налоговая сама зачтет переплату при наступлении срока уплаты налога или взноса и без заявления. Например, на 27-е число у вас положительное сальдо ЕНС - 100 000 руб., а 28-го вы должны заплатить 25 000 руб. НДС и 75 000 руб. взносов. 28-го числа налоговая зачтет сальдо ЕНС в счет этих начислений, и доплачивать ничего не придется.