У организации имеется переплата по НДС. Налоговая инспекция автоматический зачет в рамках одного налога не делает? Нужно ли писать заявление о зачете?

Зачесть переплату в счет предстоящих платежей налоговый орган не вправе.
Налоговая инспекция автоматически может провести зачет переплаты в счет погашения задолженности по федеральным налогам, начисленным по ним пеням, штрафам. Сделать это она может не более чем за три года со дня уплаты налога в излишнем размере (п. п. 1, 5, 14 ст. 78 НК РФ).
А для зачета переплаты в счет предстоящих платежей организации нужно подать заявление по утвержденной форме в инспекцию.

Источник:
п. п. 1, 5, 14 ст. 78 НК РФ ;
Приказ ФНС России от 14.02.2017 N ММВ-7-8/182@.